Bệnh viện quân dân y được hình thành và phát triển từ bệnh xá quân y tỉnh, được thành lập theo Quyết định số 1039/QĐ-UBND ngày 04/6/2009 của UBND tỉnh Trà Vinh về việc thành lập Bệnh viện Quân dân y tỉnh.
Đặt dưới sự lãnh đạo, chỉ huy toàn diện của Đảng ủy, Bộ Chỉ huy Quân sự tỉnh Trà Vinh, đồng thời chịu sự chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra về chuyên môn nghiệp vụ kỹ thuật của Sở Y Tế tỉnh và Phòng Quân Y Quân khu 9.